À ce niveau, la formation met l’accent sur l’importance des bases théoriques traditionnelles qui soutiennent la pratique du Kiyindo Shiatsu. Une connaissance approfondie des bases de la MTC est exigée, comme la connaissance des méridiens, des principes du Yin et du Yang, des 5 mouvements, du Qi. Les bases théoriques du Kiyindo Shiatsu, comme le principe de similitude et la relation croisée sont enseignées.
Les techniques particulières au Kiyindo Shiatsu et l’anesthésie par le Toucher Yin sont étudiées en profondeur. Une initiation aux protocoles thérapeutiques prépare l’étudiant aux techniques abordées dans le troisième cycle.
Un examen écrit et oral permet de sanctionner l'acquisition des connaissances du 2ème cycle.Un certificat de validation du 2ème cycle est délivré.